1916年3月，宋慶齡和孫中山自日本返回上海。自此以后將近10年中，孫中山繼續領導革命，其間數度蟄居上海，著書立說，或開赴廣州，主持政務，夫婦常在一起。宋慶齡與孫中山在一起工作，她"輝煌的頭腦，充實了她丈夫的頭腦，完全了他更偉大的人格。"

當他們回國后，孫中山南下廣州任大元帥，領導第一次護法運動。由于受到軍閥和政客的排擠，憤而辭去大元帥職務。這時孫中山困居上海，一籌莫展，極度苦悶，好似陷入絕望境地。宋慶齡對孫中山在生活上悉心照料，在精神上鼓勵孫中山振作起來。

宋慶齡深知孫中山愛好讀書，隨時幫助他收集有價值的書和報刊雜志，協助孫中山查閱資料，著書立說。從1918—1919年間，孫中山閉門謝客，撰寫文稿，決心改變現狀。這期間的著作，都包含著宋慶齡的心血。她還幫助孫中山起草許多電函稿，作英文翻譯，勤勤懇懇地盡到秘書的職責。她還加緊學習德文、俄文，為和蘇聯聯系做準備。孫中山和宋慶齡對列寧十分欽佩。這期間，宋慶齡多次幫助孫中山與蘇聯聯系。1918年，孫中山與列寧開始往來電函。1922年，列寧和孫中山之間第一次建立了直接聯系。宋慶齡說："在通信往來當中，這兩位偉大的革命戰士在爭取人類自由和進步的斗爭中攜起了手來。"

歷史事實證明，孫中山和宋慶齡結合在一起，的確"能夠成就他們分居時所不能成就的事業"。

1920年11月25日，宋慶齡隨同孫中山離開上海重返廣州，恢復軍政府工作。二人臨時住在新亞酒店，后移至粵秀樓。1921年4月，孫中山在廣州召開非常會議，決定成立中華民國正式政府，總統府設在越秀山南麓。1921年5月5日孫中山就任臨時大總統。10月24日，孫中山抵達桂林，計劃集師北伐，宋慶齡在后面積極配合孫中山的軍事行動，發動婦女組織"出征軍人慰勞會"。同時，宋慶齡動員各界人士，募集到巨額慰問經費，組織慰勞隊到前線慰問出征的戰士，隨后由人護送到桂林。

在桂林，孫中山和宋慶齡會見了列寧派來的代表馬林。正在北伐軍順利進軍的時候，孫中山親自培植起來的部屬陳炯明在后方密謀反叛。1922年5月18日其部將率重兵乘虛潛入廣州，廣州氣氛非常緊張，粵秀樓近處駐滿陳炯明部隊。為扭轉局勢，宋慶齡與孫中山不得不迅速趕回廣州，了解到陳部確有謀反跡象。6月12日，孫中山在廣州舉行記者招待會，希望陳炯明所部退回東江原防。然陳叛跡日著，數名要員、華僑被殺，事態十分嚴重。15日晚，陳炯明部隊已經開始包圍總統府。孫中山得知陳叛變的確切消息時，十分傷心，"悲憤得欲以身殉職"。

6月16日凌晨兩點，孫中山得到秘密報告，陳炯明部隊將攻擊粵秀樓，情勢危急。宋慶齡正在酣夢中，忽被孫中山叫醒，要她隨他一塊撤離險地。宋慶齡顧全大局，臨危不懼，認為若同孫中山一同行動，易被判軍發現。因此，堅持留下來掩護孫中山秘密撤離，并深情地看著孫中山說："中國可以沒有我，不可沒有你！"衛士們都勸宋慶齡趕緊撤離，但阻擋不住她的決心。孫中山不得已才答應先行。但是令50名衛隊全留守府中，自己只身逃出。孫中山兩次避過叛軍耳目，終于到達黃埔永豐艦上，按事先約定，鳴炮三響，以示安全抵達永豐艦。震撼夜空的三聲炮響傳到粵秀樓，宋慶齡和衛隊人員才松了一口氣。

在孫中山走后半小時，忽然炮聲四起，叛軍開始向粵秀樓發起進攻。叛軍占據山地，居高臨下，左右夾擊，還瘋狂地喊著："打死孫文！打死孫文！"由于四周漆黑，看不到敵兵，小衛隊暫未還擊。黎明時，衛隊開始用來福槍和機關槍與叛軍對射。奮勇抗擊，擊退叛軍三十余次的進攻。叛軍又用炮猛轟粵秀樓，洗澡房被炮彈擊毀。但衛隊仍英勇作戰，毫不畏懼。8時許，子彈快打完了。由于孫中山已安抵永豐艦，此時留在山上也沒有意義了，宋慶齡決定下山。于是兩名衛士和姚隊長他們四人，循著天橋往前爬行。流彈在空中飛鳴，有一二回正從宋慶齡的鬢部穿過。當他們剛剛穿過天橋，天橋就被叛軍炸塌。姚隊長中彈倒下。兩位衛士把他抬入總統府后院進行包扎。當他們來到總統府時，周圍盡是炮火，宋慶齡剛走出總統府房間，房屋頂就被炸塌。自晨8時到下午4時，宋慶齡他們無異藏身于炮火連天的地獄里。

下午4時，廣州衛戍區司令魏邦平派副官到總統府來講條件。衛兵提出的條件第一就是保證宋慶齡的安全，但那個副官說他不能擔保宋慶齡的安全。這時，兩層鐵門被打開，叛軍一哄而入。在一片混亂中，宋慶齡沖出大門，并急中生智，把手中包裹里的東西撒在地上。她利用叛軍們搶錢物之機從人群中逃出。宋慶齡此時身懷有孕，行動不便。逃出大門后，宋慶齡憑著機智勇敢，多次躲過叛軍，艱難地走到沙面一位友人處休息，后又乘電船到達嶺南大學(中山大學校址)校長鐘榮光家里。由于過度緊張和勞累，宋慶齡在鐘榮光家里流了產，這是"一生惟一的一次妊娠"。

以后，宋慶齡安全轉到黃埔島，登上永豐艦。宋慶齡后來說"我終于在艦上見到了孫中山，真如死別重逢。"經過這次驚心動魄的槍林彈雨的洗禮，宋慶齡的革命意志更加緊強，所以后來她身陷逆境時，總是臨危不懼，威武不屈。宋慶齡在這件事中表現出的臨難應變和大義凜然及幾年來輔助孫中山南征北戰的功績，受到了革命黨人及廣大官兵的衷心愛戴，國民黨中一些原來對宋慶齡與孫中山結婚不滿的黨員，也開始對宋慶齡刮目相看。

陳炯明叛變，宋慶齡廣州蒙難，因驚恐疲憊交迫而導致流產，以至于終身未生，這對于一個女性來說，不但在健康方面受到嚴重的損害，精神上所蒙受的創痛，尤為嚴重。但宋慶齡畢竟是一代偉人，她具有博大的胸懷和真誠的愛心。在以后的革命生涯中，她心中裝著成千上萬的兒童，長期致力于婦女兒童福利事業，疼愛孩子，為全中國的兒童獻出了她那博大的母愛。

蔣介石次子蔣緯國辭世之后，他生前對哥哥蔣經國身世的質疑隨即引爆，引起軒然大波。不過，已開放的蔣介石日記記載，蔣夫人宋美齡婚后曾經懷孕卻小產，等于間接證實蔣緯國養母姚治誠所言“蔣介石已無生育能力”的說法是不確的。

據臺灣《聯合報》報道，蔣緯國是戴季陶之子，卻由蔣介石養大且視為親生。他自覺一生受到哥哥的壓制，內心里有一事不吐不快，是養育她的姚治誠曾告訴他，“父親”在幼年時陰囊曾不小心被暖爐燙傷，母親王太夫人為他抹豬油療傷，卻因此在雪地里被狗咬了，以致沒有生育能力；因此，蔣經國不是蔣介石的親生兒子。

但蔣介石日記里記載，一九二七年十二月他與宋美齡結婚后，一九二八年宋美齡懷孕，他極為欣喜；然而卻意外因刺客行刺而流產。

美國斯坦福大學研究員郭岱君說，日記記載那年八月，一個星期內有人兩度買通蔣介石住處樓下的衛兵上樓行刺，第一次是二十四日午夜，刺客買通衛兵后走到樓下卻驚醒了宋美齡，蔣在二十五日的日記記載“妻病小產”；二十七日深夜換成兩名被買通的衛兵侵入臥室準備開槍行刺，卻因蔣一個翻身而驚走。蔣事后查明主謀者為誰，以后宋美齡也就未再生育。

日記上對宋美齡小產的記載，不僅證實姚治誠對蔣緯國所言不確，也破解了以英文撰寫的《陳潔如回憶錄》所稱，蔣介石為何無法生育是因他年輕時罹患梅毒，因此造成不育的說法。

日記里顯示，蔣介石年輕時曾有段與情欲掙扎的歲月。不過，代表蔣家預讀日記的美國斯坦福大學胡佛研究院客座研究員潘邦正說：“他和蔣夫人結婚后，整個人就改變了，成為非常虔誠的基督徒。”

潘邦正也指出，蔣經國年輕時到蘇聯留學被留置十二年，這段期間在日記可看出蔣介石非常喜歡緯國，但以后蔣夫人要求蔣介石解釋蔣緯國的身世時，蔣卻基于對戴的義氣而不答，蔣夫人憤而滯港不歸。