1924年11月13日，孫中山在夫人宋慶齡等陪同下離開廣州，之后經(jīng)上海至日本神戶訪問。次月4日，一行人抵達(dá)天津。在津期間，孫先生因風(fēng)寒而肝病復(fù)發(fā)，在療養(yǎng)二十余日后，仍堅(jiān)持于12月底前往北京。

1924年的中國并不太平。這一年的9月，南方爆發(fā)江浙戰(zhàn)爭；10月，北方爆發(fā)第二次直奉戰(zhàn)爭，中華大地兵火連城，軍閥間打得不亦樂乎。正當(dāng)直系大將吳佩孚與奉系張作霖在山海關(guān)激戰(zhàn)之時(shí)，北京城內(nèi)卻突發(fā)異動(dòng)，原屬直系陣營的馮玉祥一夜間倒戈相向，直系領(lǐng)袖、“賄選總統(tǒng)”曹錕被軟禁，這就是民國史上的“北京政變”。

馮玉祥政變成功后，隨即電邀孫先生北上共商國是，后者接電后欣然同意，決定隨即北上，以促進(jìn)國家和平統(tǒng)一。正當(dāng)孫先生整裝待發(fā)時(shí)，北京政局再度發(fā)生變化，在第二次直奉戰(zhàn)爭中取勝的奉系軍閥張作霖兵臨京津城下，馮玉祥的勢力為之一弱。經(jīng)過一番實(shí)力與權(quán)謀的斗爭后，張、馮等人達(dá)成妥協(xié)，原皖系軍閥首領(lǐng)段祺瑞被推任為臨時(shí)執(zhí)政。

段祺瑞上臺(tái)后，其接過馮玉祥的口號(hào)并邀請(qǐng)全國各界名流、軍政要人來北京召開“善后會(huì)議”，以規(guī)劃未來中國的制度構(gòu)架和發(fā)展走向。作為補(bǔ)償，段祺瑞、張作霖、馮玉祥向?qū)O中山先生發(fā)出聯(lián)名邀請(qǐng)，請(qǐng)他迅速北上，商談國是。孫先生接到電報(bào)后，認(rèn)為這是民國成立后一次極難得的機(jī)會(huì)，有望實(shí)行國家和平統(tǒng)一，于是立刻復(fù)電，表示將在數(shù)日后立即北上。

1924年12月31日，在天津停留了二十余天后，孫中山扶病前行。入京后，孫先生發(fā)表宣言，稱自己“此次來京，曾有宣言，非爭地位權(quán)利，乃為救國。”讓人覺得有些遺憾的是，因?yàn)椴◇w不支，孫先生在北京飯店作了一個(gè)簡短的講話后，即再未公開露面。就在抵京當(dāng)晚，協(xié)和醫(yī)院的德國醫(yī)生克禮、狄博爾很快來到北京飯店，其與從天津過來的德國大夫施密特會(huì)同診斷后一致認(rèn)為，孫先生所患的恐怕是“最烈肝病”，情況不容樂觀。

1月26日下午，由協(xié)和醫(yī)院外科主任邰樂爾為孫中山主刀，施行手術(shù)割治。在將孫先生的腹壁切開后，眼前的情況讓所有人大吃一驚：整個(gè)肝臟表面布滿大大小小的黃白色結(jié)節(jié)，而且整個(gè)腹腔內(nèi)臟器粘連在一起，根本無法手術(shù)。在此情況下，邰大夫從肝上取出小塊組織做活檢標(biāo)本并將肝部的膿吸出后即將傷口縫合，整個(gè)手術(shù)進(jìn)行了25分鐘。事后，德、美、俄三國醫(yī)生對(duì)其肝組織活檢標(biāo)本進(jìn)行了化驗(yàn)，最終結(jié)論是：孫中山患的是肝癌，而且已處晚期。手術(shù)后最初幾天，孫先生反應(yīng)良好，但在短暫的穩(wěn)定后，病情再度急轉(zhuǎn)直下。2月16日，院方在征得同意后啟用鐳錠進(jìn)行放射治療，以阻止癌細(xì)胞蔓延，這是當(dāng)時(shí)所能采取的最后辦法了。鐳療射近45小時(shí)后，病狀仍未見任何好轉(zhuǎn)，院方至此也是無能為力。

在此情況下，張靜江等人極力主張請(qǐng)中醫(yī)治療，但湯爾和等西醫(yī)堅(jiān)決反對(duì)中醫(yī)療法，其所在的協(xié)和醫(yī)院也態(tài)度強(qiáng)硬的表示，如要服用中藥，就必須搬出醫(yī)院，即便顯貴如孫中山者，也不能例外。2月18日，孫中山因病情加重而搬出協(xié)和醫(yī)院移居鐵獅子胡同行轅，改由中醫(yī)治療。著名中醫(yī)陸仲安等曾共同診視一周并開出方劑，孫在服藥兩劑后情況有所好轉(zhuǎn)，但數(shù)日后，孫又停止服用中藥而繼續(xù)用西醫(yī)之法利尿、止瀉等對(duì)癥處理。延至3月12日凌晨，孫中山突然頻繁輾轉(zhuǎn)，氣息越來越微弱。9時(shí)30分，孫中山停止了呼吸，終年59歲。

孫先生病逝后，遺體被運(yùn)回協(xié)和醫(yī)院做防腐處理并進(jìn)行胸腹腔解剖。待新的檢驗(yàn)報(bào)告出來后，醫(yī)生們得出與此前不同的診斷結(jié)果，即認(rèn)為孫先生的病是癌細(xì)胞侵入肝體后阻塞膽管，并向肺、腹膜及腸廣泛性轉(zhuǎn)移所形成，其關(guān)鍵的病變部位在膽囊和膽管，即膽囊腺癌，但此刻為時(shí)已晚了。

孫中山逝世一周后，宋慶齡、孫科在北京協(xié)和醫(yī)院禮堂按基督教儀式舉行了一次家庭葬禮，葬禮由燕京大學(xué)神學(xué)院院長劉廷芳牧師主持，廣州政府司法部長徐謙和孔祥熙先后致悼詞。葬禮之后，孫中山靈柩被移往中央公園社稷壇大殿。3月24日起，社稷壇開始舉行公祭并接受各界人士的吊唁。據(jù)記載，孫先生的靈柩安放在靈堂內(nèi)一座50厘米高的櫬臺(tái)上，靈柩前上方懸掛遺像及“有志竟成”橫匾，兩邊是孫先生的遺言對(duì)聯(lián)：“革命尚未成功，同志仍須努力”，棺上蓋以青天白日旗，宋慶齡身著黑素服率親屬守靈。事后，治喪辦事處通電國民黨黨員左臂纏黑紗，停止宴會(huì)及娛樂七日；廣州軍政府則通令所屬各官署：軍營、軍艦下半旗一月、文武官吏停止宴會(huì)一月，民間輟樂七日；文官左臂纏黑紗一月，武官及兵士于左臂及刀柄上纏黑紗一月，以志哀悼。此后一周內(nèi)，包括本國政要、各界名流及各國大使約10萬余人前來吊唁，盛況空前。

社稷壇舉行公祭時(shí)，豫軍總司令樊鐘秀特別致送了一個(gè)闊丈余，高五尺的巨型素花橫額，當(dāng)中大書“國父”二字，這也是孫中山在公開場合被尊稱為“國父”的最開始（中國國民黨中央常務(wù)委員會(huì)在1940年的第十四3次會(huì)議中決議，正式尊稱總理孫中山為“國父”，之前一般稱“總理”）。

由于孫中山病逝時(shí)陵墓還未動(dòng)工，各方?jīng)Q定于中央公園公祭后將靈柩暫厝于西山碧云寺內(nèi)。4月2日上午，靈柩用汽車運(yùn)送，下午4時(shí)到達(dá)碧云寺，靈柩安放在殿后的金剛寶座塔石龕內(nèi)，龕內(nèi)懸有長聯(lián)：“功高華盛頓，識(shí)邁馬克斯（思），行易知難，并有名言傳海內(nèi)；骨埋紫金山，靈棲碧云寺，地維天柱，永留浩氣在人間！”為防止有人破壞，治喪處特委派馬湘、黃雅覺率衛(wèi)士李榮等7人常駐碧云寺護(hù)靈。

1928年5月18日，蔣介石率各集團(tuán)軍總司令、各路總指揮在西山碧云寺舉行祭靈大典。祭文中，蔣介石標(biāo)榜自己是“親承提命之殷殷，寄以非常之任”，以明示馮、閻等各路軍閥他才是受命于孫總理的當(dāng)然繼承人。讀罷祭文，開棺蓋瞻仰孫之遺容時(shí)，蔣介石當(dāng)場撫棺痛哭，馮玉祥上前相勸，他哭得更甚。這時(shí)，身后有人不滿其表演而喊道：“他是嫡系，我們都不是嫡系。讓他一個(gè)人哭吧，我們走了。”蔣介石聽后，這才停止痛哭，蓋棺結(jié)束祭奠。

早在民國成立之初，孫中山至紫金山一帶打獵時(shí)曾說，“百年之后，愿向國民乞此一掊土，以安軀殼爾……”按此，國民黨方面經(jīng)實(shí)地勘察后決定在此建陵，共圈撥墓地、墓道及紀(jì)念建筑應(yīng)用之地2000余畝。4年后，中山陵竣工，陵園面積擴(kuò)大至5萬畝，耗銀400余萬兩。此時(shí)正值北伐勝利，為表示對(duì)孫中山的尊崇并增加自己的合法性與權(quán)威性，自命為中山傳人的蔣介石決定為孫先生舉行盛大的奉安移靈大典。

1929年5月22日，在碧云寺舉行遺體改殮儀式后，國民黨方面又在天安門前舉行奉安迎櫬紀(jì)念大會(huì)，碧云寺內(nèi)則另辟“孫中山紀(jì)念堂”及“孫中山先生衣冠冢”，以示紀(jì)念。自5月 26日起，南京政府明令于全國一律下半旗7天，國民于7天內(nèi)臂纏黑紗，停止一切娛樂及喜慶典禮。26日上午，移靈儀式開始，放禮炮101響，靈櫬加蓋上覆國旗，用杠夫24人，繼以32人，出碧云寺后，用杠夫64人。10時(shí)，靈櫬進(jìn)北平西直門，各界送殯代表及陸海空軍、警察馬步各隊(duì)，各行列軍樂隊(duì)，已依原定行列次序在西四牌樓以北次第集合恭候，送殯行列共組12隊(duì)。下午5時(shí)，在101禮炮聲中，移靈專車離開前門火車站開往南京，沿途經(jīng)天津、濟(jì)南、泰安、徐州等站，各地方官員及民眾舉行隆重的路祭。

28日上午4時(shí)，靈車抵達(dá)蚌埠車站，國民政府主席蔣介石等人從南京來迎。是日上午10時(shí)，靈車抵達(dá)浦口車站，中央執(zhí)監(jiān)委員、國府委員、特任以上官吏在站迎候，一律著藍(lán)袍黑褂白帽黑履黑襪，哀樂齊奏，獅子山炮臺(tái)鳴禮炮101響，靈櫬隨后被轉(zhuǎn)上“威勝”號(hào)軍艦渡江。12時(shí)，艦抵中山碼頭，江上各艦下半旗鳴禮炮，移靈總干事孔祥熙率杠夫32名將靈櫬奉移上陸。下午3時(shí)，靈車至中央黨部禮堂，由杠夫32名奉移靈櫬下車，舉行停靈禮。是日下午 4時(shí)起至6月1日上午4時(shí)，由中央委員、各特任官蔣中正及以下66人每晚輪流守靈，三人一班，每班四小時(shí)。

6月1日上午，靈櫬運(yùn)至紫金山麓，用杠夫108名。10時(shí)1刻，在蔣介石的主持下，奉安典禮行禮如儀，恭扶靈櫬奉安壙內(nèi)，鳴炮101響，全體國民一律停止工作默哀3分鐘。禮成后，孔祥熙率杠夫敬奉靈棕移進(jìn)墓門，再鳴炮101響。至12時(shí)正，奉安畢奉安儀式結(jié)束后，宋慶齡率孫科夫婦等將墓門嚴(yán)扃。由是，經(jīng)營數(shù)載、備極隆重的奉安大典遂告完成。