清入關前，從無傳位遺詔當上皇帝的皇太極開始，這種激烈的斗爭直到乾隆以后才逐漸減弱，愛新覺羅親族之間的恩怨在玉牒中也有所反映，典型表現就是“不入玉牒”。張虹說：“在每次清玉牒編修的序言中，都有關于哪些犯罪族人不入玉牒的說明，《清實錄》中對這些情況也有很多記述。 ”早期不入玉牒的代表人物就是多爾袞，這位為清一統天下立下汗馬功勞的宗室，生前和死后境遇天壤之別，而且由于他本身又是清宮三大疑案之一“莊妃下嫁”的男主角，所以在清史中也是重要傳奇人物之一。多爾袞指揮清軍入關，先后受封叔父攝政王、皇叔父攝政王、皇父攝政王，死后不僅被剝奪親王封號，甚至被掘墳揚灰。所以在早期清玉牒中，努爾哈赤第十三子與第十五子緊密相連，壓根就不提有第十四子。

直到乾隆四十三年為多爾袞恢復親王稱號和宗室身份后，才在乾隆五十二年以后的玉牒中重新出現努爾哈赤第十四子。佟悅說：“我們查看了‘莊妃下嫁’的消息主要流傳者，多是反清復明人士，所以有這樣的說法，不排除當時明人在故意潑黑清統治者。 ”散布“莊妃下嫁”的代表人物是反清人士張煌言，他在反清斗爭中一口氣寫了10首詩對清宮這段懸案進行冷嘲熱諷。

現在找到事實真相的可能性越來越小了，不過翻看史料，多爾袞戎馬一生的最大受益者是順治，然而，他對這位親叔叔的恨實在耐人尋味，給弄清真相增加了更多的變數。至于清入關前后有多少愛新覺羅族人因為獲罪被逐出玉牒，《康熙朝實錄》有這樣的記述：“查革退宗室內除原任和碩睿親王多爾袞無嗣，無庸議外，其原任貝勒莽古爾泰、德格類，和碩英親王阿濟格……子孫共二百一十六人俱應給以紅帶，記黃檔內，纂修玉牒時一并載入。又宗室阿爾通阿之子孫四人，現入覺羅紅檔，無庸另議，應將阿爾通阿之名補入黃檔內，增載玉牒。其覺羅勒爾森、昂阿拉、吳丹等之子孫共二十九人，俱應給以紫帶，記紅檔內，亦俟纂修玉牒時一并載入。 ”

被逐出玉牒的還包括康熙年間參與奪嫡，后來被逼改名的阿其那和塞思黑。張虹說：“玉牒中當然看不到這樣的名字，這兩個名字滿語意思也不是部分學者認為的‘豬’‘狗’。簡單分析，雍正即使再生氣也不會讓自己的親兄弟改成這樣的名字，不僅有辱自身，也是對他們的父親康熙大不敬。 ”對他們后人的態度，到了乾隆年間也有了變化，《清實錄》中記載：“從前阿其那、塞思黑不孝不忠，思亂宗社獲罪，皇祖我皇考萬不得已止令削籍離宗”，遵從康熙“若屏除宗牒之外，恐將來日久，則與庶民無異”的考慮，也采取康熙五十二年的做法，“將阿其那、塞思黑之子孫，給予紅帶，收入玉牒。 ”當然，此后仍有犯罪愛新覺羅族人“不入玉牒”，不過再沒有謀逆之類大罪。

記錄在案有嘉慶年間的一例，《清實錄》里這樣記述：“又諭：刑部奏審明魁敏、窩什布圖欽、圖敏等私習西洋教，業經反復開導，該犯等仍堅不出教，請將魁敏等發往伊犁充當折磨差使等語，圖欽、圖敏俱系蘇努曾孫。雍正年間，蘇努因犯罪黜革宗室降為紅帶子，是該二犯本屬罪人子孫，理宜安分守法，乃敢私習洋教，經該部再三開導，猶復始終執迷不悔，情殊可惡。圖欽、圖敏著革去紅帶子，并于玉牒末除名。 ”在這個案件中，獲罪宗室成員被徹底除名。時過境遷，當爭斗變成前塵往事，恩怨隨同主人公化作飛灰之后，與當初的恩恩怨怨相比，后世愛新覺羅族人似乎更在意的是祖上都有哪些人，做過什么事。