康熙皇帝的嫡母是孝惠太后·嫡母，就是父皇的正宮皇后。玄燁在他降生的時候，還沒有嫡母，父皇的第一任皇后博爾濟吉特是孝莊太后的親侄女。因為和順治沒有感情，在婚后兩年即被廢。玄燁降生后三個月，他就有了一位嫡母，也就是順治皇帝的第二位皇后博爾濟吉特氏。她是孝莊的侄孫女，當時年僅13歲。順治皇帝對這位因政治聯姻古代的后宮關系復雜，皇后作為皇帝的正宮老婆，是所有皇子皇女的嫡母，所有皇子皇女都有視她為娘，康熙皇帝后宮就有一位孝莊太皇太后和兩位皇太后。

而封的第二位皇后也沒有感情，一直冷淡待她。直到順治十八年(1661年)正月順治皇帝去世，兩人的感情仍然沒有好轉。

玄燁即皇帝位時，年僅8 歲。康熙二年(1663年)二月，玄燁的生母去世，嫡母開始在小皇帝的心靈中占據著重要的位置，他們長達半個多世紀的交往正式拉開序幕，而且隨著時間的推移，他們母子之間的感情越來越深。康熙皇帝登基以后，奉孝莊太后為太皇太后，嫡母博爾濟吉特氏被尊為皇太后，移居慈寧宮。康熙皇帝與太皇太后、皇太后之間的關系一直很融洽。但相比之下，他與太皇太后的感情更深于與嫡母皇太后的感情。

康熙皇帝曾多次奉孝莊太皇太后、嫡母皇太后之命出宮，拜謁祖陵，臨幸盛京，西巡五臺山，出古北口到避暑山莊避暑。一路上，康熙皇帝都親自照應，在太后的輿前輿后奔忙，對于太后的衣食起居，事必躬親，不敢有絲毫懈怠。孝莊太皇太后慈愛而溫情，她以尊貴長輩的特殊身份，將康熙與嫡母皇太后緊密地聯系在一起，并和諧地相處。但也是由于孝莊的存在，康熙將依戀之情完全系于祖母一身，客觀上大大影響了他與嫡母之間的感情，他對嫡母的孝養較之祖母，也就平淡了許多。

康熙十二年(1673年)冬，懿靖大貴妃病危，嫡母皇太后前往探視，玄燁步隨著皇太后的御輦一同謁宮問疾。清太宗打敗了漠南蒙古察哈爾部首領林丹汗后，將他寵愛的妻子納入自己的后宮，封為麟趾宮大福晉貴妃。順治九年(1652年)，大福晉貴妃晉封為懿靖大貴妃。皇太后和懿靖大貴妃都是來自大漠孤煙的蒙古草原，同樣的故鄉讓她們有著同樣的情感和思念，也讓她們感到一種天然的親切。在孝莊的建議下，皇太后以兒媳輩的身份探視她，還有小皇帝陪同，懿靖大貴妃非常感動。幾天以后，大貴妃去世，玄燁依舊隨著皇太后的御輦進入大貴妃宮致哀。

皇太后生于明崇禎十三年(1640年)十月初三日，到康熙十九年(1680年)，是她四十歲的壽辰。到十月初三日這一天，裁理政務寒暑不輟的康熙皇帝，破例輟朝一日，特地為皇太后舉行大壽慶典。宮內舉辦了隆重的皇室家宴，太皇太后、皇太后、皇帝玄燁、皇太子和眾皇子們祖孫四代，高高興興地歡聚一堂，熱烈隆重地為皇太后慶祝四十大壽。慶典很熱鬧，壽宴也十分祥和熱鬧，皇太后感到非常欣慰。這天下午，皇帝玄燁率皇太子先后到祖母、皇額娘宮中請安，祖母孝莊太皇太后和皇太后都非常高興。

康熙二十二年(1683年)六月，康熙皇帝恭奉孝莊太皇太后出古北口避暑、行圍，皇太后沒有隨行，此行歷時兩個多月，才返回北京。在這期間，玄燁只是一心一意地照料著祖母太皇太后，對她的生活起居關懷備至，他卻忘記了遠在皇宮的皇太后，一直沒有派人送去任何的消息和問候。直到返回途中，在祖母的提醒下，玄燁才記起了皇太后，才派使送信問安。玄燁離京時，常常對祖母是五天一奏一問安。在玄燁的心中，太皇太后和皇太后，顯然分量是不同的。

不過，皇太后與婆婆孝莊之間的關系一直很好，兩人的感情也很深，她的父親是孝莊哥哥的仲弟察罕之子，她是孝莊的侄孫女;孝莊選定她為皇后，順治皇帝一直冷落她，在她最低沉、最困難的時候給予她安慰和鼓勵。順治十五年(1658年)正月，是她一生之中最為險惡的日子，因為孝莊病危，皇帝責怪她禮節疏闕，下旨切責，并命停止進呈中宮箋表。這就意味著她將重蹈廢黜的覆轍。重病的孝莊得訊后，召來皇帝福臨，袒護皇后，千方百計為她開脫，皇帝這才沉默，她才終于保住了皇后之位。

對于皇太后來說，從入選皇后、到入宮以后孝莊太皇太后對她生活起居的照顧、再到臨終時對她的袒護，孝莊太皇太后在皇太后的心中，樹立了一個慈愛長輩的完美形象。皇太后從內心深處對孝莊懷著深深的感激、由衷的欽佩和無盡的敬意，無論在什么場合，無論在什么地方，也無論是什么時候，即使是她做了宮中人人尊敬的皇太后之后，她也是一如既往地孝敬孝莊，表現得極為謙卑、恭敬和柔順。她的孝敬、柔順的美德，給康熙皇帝留下了深刻的印象，也成為宮中女性的楷模，并給后世樹立了一個標準女性的典范。

孝莊太后不幸去世，宮中籠罩在巨大的陰影之中，悲傷之情在宮院中彌漫。在這片哀傷之中，最為哀痛的莫過于皇太后和康熙皇帝。孝莊從病危到辭世，皇太后一直守候在她的身邊;孝莊入殮以后，她也不離梓宮半步。她淚流滿面，幾天幾夜都是那樣發自內心深處的哀傷痛哭，不吃不喝。康熙皇帝的哀慟更是有過之，一連數日，滴水未進，大臣們無論怎樣勸慰，都無濟于事。哀傷守靈中的皇太后，也同樣擔心著皇兒康熙皇帝的健康，她親自勸皇帝吃些糜粥，皇帝懂得皇太后的苦心，流著淚，勉強吃了少許，但無法下咽。

孝莊太后的去世，拉近了皇太后與康熙皇帝之間的距離，也增進了兩人之間的感情。同樣的哀傷，一樣的真心關切，僅僅短短幾天時間感情上的共鳴，勝過了他們二十多年禮節性的來往，也使他們相互理解，懂得了對方。孝莊的去世，結束了一個舊的時代。從此以后，康熙皇帝與皇太后之間，共創了一個新的歷史時期。皇太后性格平和，做了幾年皇后，遭受冷遇，然后就是五十多年寡居深宮的皇太后生活，那份不可言表的寂寞孤獨，恐怕只有康熙皇帝能夠理解，也只有康熙皇帝給予她真正的關切和撫慰。

孝莊辭世后的第三天，康熙皇帝對侍臣們說：“皇太后圣躬素弱，近者太皇太后病篤，朝夕奉侍，慈顏瘦減。又因太皇太后上殯，皇太后悲哀過甚，晝夜不離梓宮，飲食不御，愈加羸弱。當今最尊者，惟皇太后一人，朕見皇太后慈顏羸弱，力為勸慰，皇太后不允。爾諸王、大臣，具系骨肉至親，應公同奏勸。又諸王妃、郡主等與哀嘆時，皇太后慟哭幾至仆地，諒眾所共睹，而無有進前勸慰者，今已三日矣！若此時漠不關切，將來寧不顏耶？”

孝莊月祭前夕，病中的康熙皇帝前往皇太后宮中問安。康熙皇帝看見皇太后瘦弱不堪，一臉病容，心如刀割。第二天，康熙皇帝特地召來大學士明珠、內務府總管班第、總管太監顧氏，對他們鄭重地說：“自太皇太后違豫，皇太后盡孝侍奉，甚為勞瘁。不幸太皇太后殯天，復哀痛太過，慈顏清減。昨者，朕謁皇太后宮問安，見癯瘦更甚，積勞成疾，服藥調理。皇太后關系甚大，朕心深為憂慮。明日太皇太后一月之祭，爾等可奏請不必前去。”

總管太監前往傳宣御旨。皇太后回答說：“太皇太后之喪，予身有何勞苦？皇帝前者侍奉太皇太后，已極誠敬，后又悲哀過當，勞苦致病，心甚憂慮。予之服藥，專為明日月祭前往之意。”在這非常時期，皇太后與康熙皇帝相互關切，相互體諒，心心相通。順治皇帝曾評價她：秉心淳樸，卻乏長才。她的確為人溫厚，一生老實本分，寬厚平和。她做了五十多年的太后，在后宮中生活了六十四年，康熙皇帝一直理解她，敬重她，照顧她。

康熙皇帝的生母是佟佳氏，佟佳氏幼年入宮，不知道是幸運還是她有什么獨特的迷人之處，她成了皇帝福臨的妃子。可以肯定的是，她并不是以美貌著稱的，加之她的年紀太小(生玄燁時只有15歲)、性格內向，因而并不受皇帝的寵愛。佟佳氏懷玄燁時，據說衣裾間有龍盤繞，赤光燦爛;生玄燁時，則合宮異香，五色光氣充溢殿庭。但兩年后，順治皇帝迷上了某位親王的福晉董鄂氏，將她納入宮中，寵擅后宮。皇帝與董鄂氏處于熱戀之中，相貌平平的佟佳氏的處境可想而知。她雖然生下了皇子玄燁，但卻一直被皇帝冷落，那時，她還不滿17歲。

佟佳氏在景仁宮的生活十分寂寞。與所有的孩子一樣，小玄燁在感情上十分依戀母親。幼年的玄燁，從小就表現出了他的過人成熟和聰慧。在日常生活中，他從母親孤獨、痛苦的眼神中感覺到了生活的艱辛。他是個十分敏感的孩子，也很善解人意，他雖然不諳人情世故，但卻能夠用超出他的年齡的成熟和懂事，來撫慰母親的愁苦和不幸。他登上了皇帝的寶座以后，佟佳氏被尊為太后，她在宮中的地位也與以往不可同日而語。

玄燁即皇帝位后，康熙的生母佟佳氏被尊為皇太后，因而康熙初年，宮中有三位太后：一位是孝莊太皇太后;一位是順治孝惠章皇后，就是康熙的嫡母博爾濟吉特氏;一位就是康熙生母佟佳氏。在康熙初年，康熙的嫡母和康熙的生母，并稱為兩宮皇太后。佟佳氏是在康熙元年(1662年)十月被正式尊稱為慈和皇太后的，但僅僅過了4個月，在康熙二年(1663 年)二月，佟佳氏就不幸病故了，享年只有24歲。生母的患病、去世，給少年康熙留下了終生的傷痛;而他與生母在最后一年相處的日日夜夜，也為康熙皇帝留下了最美好、最珍貴的回憶。