正史記載：亞歷山大大帝卒于公元前323年6月10日，巴比倫。死后尸體經過防腐處理(絕對不是埃及的木乃伊處理法)，一直放在巴比倫宮殿的地下室。一年之間，他的部下展開了激烈的皇位爭奪戰，致使他的尸體久久得不到安葬。一年之后，爭奪戰結束，亞歷山大帝國被三家瓜分：托勒密占領了埃及，塞留古占領亞洲部分，中央馬其頓及希臘部分由亞歷山大的遺腹子(亞歷山大四世)繼承，實際大權則掌握在安提柯和其子卡山德手里。亞歷山大的妻子羅克珊長期得不到太后奧林匹亞斯的承認，但太后答應保護亞歷山大四世。這時候人們開始注意到尚未安葬的亞歷山大大帝。他的形象太偉大了以至于把他看作神都毫不為過，新國王都爭要遺體，表示他是亞歷山大名正言順的繼承人并希望得到亞歷山大的保護。

歷史的疑案在這里開始了。按照馬其頓王室的規矩，亞歷山大由卡山德護送前往馬其頓王陵谷(有點像埃及國王谷)，在培拉舉行葬禮并安葬在古都埃蓋(腓力二世的陵墓不久前在這里被發現)。但是，送葬的隊伍在路上遭遇攔截，被秘密地轉移方向，亞歷山大的靈車消失了。

幾個月之后，埃及亞歷山大城奇跡般地出現亞歷山大大帝的陵墓，里面放著著名的亞歷山大金棺。這個陵墓此后幾個世紀一直在這里，吸引了無數名人、游客前去拜訪，包括凱撒，屋大維、提比略等羅馬皇帝。傳說凱撒進入陵墓前守陵人告訴他陵墓一般漆黑幽深，只有在大晴天日光垂直照射時才能進去，而且只能維持兩三小時，一旦過時出不來，就會迷路死在里面。

凱撒不信，手打火把欲進入，但剛走到墓門火把便自然熄滅，試了好幾次都不行。凱撒便在心里乞求亞歷山大容他一見，陵墓便奇跡般地通體透明，凱撒只身而入，在里面待了很久(遠不止兩三個小時)，陵墓依然通體透明，直至凱撒出來。屋大維拜見亞歷山大則更有意思，據說當他親吻他時還不小心弄壞了亞歷山大的鼻子。這座埃及的亞歷山大陵墓在提比略參拜之后便消失了，有人說是因為海水吞沒了它，也有人說是異教徒破環了它。但是，在今天的埃及亞歷山大城，人們壓根沒有發現任何有可能是亞歷山大大帝陵墓的遺跡。

公元前30年，埃及艷后的統治被推翻，屋大維以勝利者的姿態來到埃及并朝拜了亞歷山大陵墓。他讓人把石棺從墓室里搬出來，親自將王冠放在亞歷山大的木乃伊身上，又在石棺里灑滿鮮花。但是，他卻不小心把木乃伊鼻子的一部分弄壞了。

在這之后幾個世紀，亞歷山大的陵墓一直是羅馬皇帝的朝圣地。公元19年，七歲的蓋烏斯·卡里古拉隨同其父前往埃及，目睹了亞歷山大陵墓，此人后來成了羅馬皇帝。公元69年左右，韋斯巴鄉皇帝和提圖斯皇帝都見到了亞歷山大陵墓。公元130年左右，哈德良皇帝和安提努斯皇帝先后參觀了亞歷山大陵墓。

然而，公元200年的時候，塞維魯皇帝在參觀亞歷山大陵墓時，被墓道里的陰森氣氛嚇怕了，下令封鎖墓室。最后一次關于亞歷山大陵墓的明確記載是，塞維魯的兒子卡拉卡拉皇帝來訪，他把自己的戒指和佩帶留給亞歷山大，然后鎮壓了一場叛亂活動，幾乎滅絕了所有亞歷山大城的年輕人，亞歷山大的陵墓從此在歷史中消失了。有人說是因為海水吞沒了它，也有人說是異教徒破壞了它。但是，在今天的埃及亞歷山大城，人們壓根沒有發現任何有可能是亞歷山大大帝陵墓的遺跡。

有人認為，埃及亞歷山大城所謂的陵墓根本不曾存在過，它是歷史學家的杜撰，以迎合羅馬皇帝的歡心，說明他們是亞歷山大的事業繼承者。真正的亞歷山大尸體在那次攔截案中被托勒密秘密地轉移到不為人知的地方。亞歷山大陵墓的秘密是托勒密一手策劃的。那么，他有沒有留下有關陵墓的只言片語呢？遺憾的是，后來亞歷山大城圖書館遭遇一場大火，大火早已將這些機密文件燒成灰燼，沒有任何線索留下來。人們推測，托勒密有可能根本沒為亞歷山大造墓，而是把他的遺體放在毫不起眼的石棺里，埋在不為人知的地方。