康熙幼年智除鰲拜的故事一直是歷史文學作品里的熱門主題，雖說是一朝之君，但小小年紀如何清除頑黨，幕后的推手是不可缺失的重要角色。

玄燁繼位后，四輔臣“搪當國事，裁決庶務;入白太后，則別無可否，惟唯諾而已”。可見四輔臣權力很大，加之缺乏監督、約束的機制，輔臣中個別人逐步走上結黨營私、擅權亂政之路。

由于歷史的原因及某些政見不同，輔臣中兩黃旗的索尼(正黃旗)、遏必隆、鰲拜(鑲黃旗)，與正白旗蘇克薩哈的關系日漸緊張。另一方面，隨著時間的推移，鰲拜居功自傲，權力欲逐步滋長，他聯合遏必隆，擴展鑲黃旗實力，擅殺朝中與自己存有積怨的滿臣，專橫跋扈的作風愈來愈顯著。

四輔臣于輔政期間做了不少有益的事，然而對處理滿漢關系，卻采取保守、倒退方針，在恢復祖制、首崇滿洲的旗號下，歧視漢官，使后者的積極性受到嚴重挫傷。當時，反清復明的戰火尚未完全平息，經濟凋敝，百廢待興。因滿臣還缺乏治理經驗，又不能與漢官密切合作，以致大大妨礙了國家機器的正常運轉，而一些投機分子逐步取得輔臣信任，為非作歹，更加重了問題的嚴重性。玄燁親政前夕，已是“學校廢弛而文教日衰”，“風俗僭越而禮制日廢”，地方、朝中弊端叢生。

玄燁年齡還小，對此自然難以應付。但政治經驗豐富的孝莊，卻不露聲色地密切注視事態發展，在繼續任用輔臣的同時，采取了一些防患于未然的措施。

康熙四年(1665年)九月初八，稟照祖母慈諭，12歲的玄燁舉行大婚典禮，索尼的兒子內大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中官，遏必隆之女落選，成為皇妃。

在為孫兒擇立皇后時，孝莊舍去遏必隆之女，選中赫舍里氏，旨在防范鰲拜借鑲黃旗之女成為皇后之機，進一步擴大實力，同時也是針對主幼臣驕的情況，對清朝元老索尼及其家族予以榮寵的籠絡措施。

孝莊此舉還改變了皇太極和福臨時期，皇后莫不出自蒙古博爾濟吉特氏的慣例。這并不意味著忽視滿蒙貴族聯姻政策，而是從鞏固皇權、安定政局的現實需要出發，反映出這位杰出女性的戰略眼光與靈活策略。

當鰲拜得知玄燁選后的結果時，因希冀落空，“心懷妒忌”，氣惱萬分，竟與遏必隆一起入宮“奏阻”。這恰恰證明孝莊此步棋的巧妙：既分化了四輔臣，使索尼同鰲拜之間出現芥蒂，又促使索尼更為效忠皇室，增加了皇室的力量。不過，從其后情況看，孝莊這時對鰲拜還未完全失去信任，仍希望他在輔臣任內能夠善始善終。

康熙五年，發生圈換土地事件。鰲拜在索尼、遏必隆支持下，將清朝入關初期圈占土地時分配給鑲黃旗與正白旗的土地，強行互換，并再次圈占大量土地，致使廣大農民流離失所，加劇了滿漢民族矛盾。三輔臣還不顧玄燁的反對，矯詔將反對此舉的大學士管戶部事務蘇納海(正白旗)等三名大臣處死，造成一大冤案。這一事件說明，鰲拜并未領會孝莊的包容苦心，在擅權亂政路上愈走愈遠。因此，孝莊也相應采取了進一步措施。

康熙六年七月初七，玄燁“躬親大政”，輔臣“仍行佐理”。孝莊特為孫兒收權安排一過渡階段，以使他在實踐中逐步提高，同時也讓輔臣有個適應過程，將他們因交權而產生的失落感，減少到最低程度，從而保證此次權力交接穩妥進行。

可是，樹欲靜而風不止。康熙六年六月索尼去世后，鰲拜成為首席輔臣，遏必隆對他亦步亦趨，蘇克薩哈更加孤立。玄燁親政伊始，蘇克薩哈請求“往守先帝陵寢”，以期迫使鰲拜、遏必隆也辭去輔政。鰲拜為清除異己，獨掌輔政大權，竟羅織蘇克薩哈的“罪狀”，企圖將他置于死地。盡管玄燁堅決反對，但鰲拜等不肯罷休，一連七日強奏，竟將蘇克薩哈及子孫全部處死，并籍沒家產。

蘇克薩哈被清除后，鰲拜的權勢進一步擴大。他飛揚跋扈，“欺君擅權”，“文武各官盡出門下”，甚至在“御前呵叱部院大臣，攔截章奏”。玄燁去海子狩獵時，讓隨行的鰲拜奏聞祖母，鰲拜“乃不遵旨，反云皇上自奏”，全然不把玄燁放在眼中。他的種種行徑，已構成對皇權的嚴重威脅。至此，孝莊終于作出決斷，支持并指點孫兒擬定清除鰲拜集團的全盤部署。

鰲拜集團附者甚眾，盤根錯節，已控制中央機構各要害部門。為最大限度地減少動蕩，孝莊幫助玄燁制定了“擒賊先擒王”，迅速打擊主要黨羽，震懾其他成員，穩妥解決問題的基本策略。據此，玄燁命索額圖秘密組織起一支善于撲擊的少年衛隊，又于行動前，有意將鰲拜的部分黨羽遣往外地，以分散其力量。可以肯定，玄燁還采取了其它一些周密部署。

康熙八年五月十六日，鰲拜奉召進宮，旋即被衛隊擒拿，其主要黨羽也先后被逮捕歸案。考慮到鰲拜以往的功績，玄燁對他予以寬大處理，免死，籍沒家產，終身監禁，對其眾多追隨者，也只處死最主要的幾人，其余一律寬免，就連遏必隆也被免罪，僅革去太師，后又給還公爵，值宿內廷，恢復對他的信任，從而團結了鑲黃旗。

清除鰲拜集團，排除了威脅皇權的潛在危險，踢開清朝向前發展的絆腳石后，玄燁真正掌握了清朝大權。他在“首崇滿洲”的原則下，著力改善滿漢關系，崇儒重道，發揮漢族官員積極性，發展生產，恢復經濟。短短幾年內，政局進一步穩定，得到漢族地主階級更廣泛的擁護，經濟也有起色，為其后平定三藩之亂打下重要基礎。

對鰲拜集團的斗爭過程中，孝莊、玄燁祖孫相互加深了了解，感情更為深厚。其間，玄燁表現出他那一年齡少有的膽略和杰出組織才能，使孝莊滿意而欣慰;另一方面，玄燁也從祖母身上學到很多東西，除去縝密的思想方法，堅決、果敢的作風外，對他印象最深的，是祖母對人處事寬厚豁達的態度。正是在祖母的影響下，他處置鰲拜及其黨羽時，運用寬嚴相濟，打擊面小，安撫、團結絕大多數朝臣的策略，收到人心安定、朝政穩固的效果。

孝莊的言傳身教，使玄燁逐步具備了一代名君所應有的寬闊心胸與氣度，這不僅在此次斗爭中顯示出來，在他其后的漫長統治歲月里，無論是平息黨派之爭、處理二廢太子事件，或采取其它重要舉措，這種方針、策略依然被保留下來。足見孝莊的智慧、品德與作風，已經體現在孫兒身上，由他繼承并發揚光大了。

還需指出，孝莊指導玄燁寬大處理鰲拜集團，也是對當年兩黃旗大臣同心合力、擁立幼主(福臨)的回報，表明她為保護幼孫，并從清朝的長遠統治計，不得不清除對她效忠多年的老臣時，仍舊手下留情。作為最高統治集團的核心人物之一，這種做法尤為難能可貴。