十月革命后，有很多哈薩克人、布里亞特蒙古人、塔塔爾人從蘇俄逃入蒙古，斯大林對這些人懷恨在心，認為他們“逃避革命”，那也是另一種“反革命罪”，他下令喬巴山對他們實行清洗。蒙古2.1萬哈薩克斯坦人被消滅了2000人;140個塔塔爾人只剩下4個;來自中國內蒙的漢蒙兩族人士幾乎未留下一個活口，其中還有內蒙人民革命黨的成員。

1937年9月10日，正式打響大清洗第一役，當晚蒙古人民革命黨高層65名干部被捕，包括中央委員會成員、大呼拉爾(相當于議會)成員、部長會議成員、軍隊高層全部將領……

內務部在蘇聯專家教導下，對這65人實施“坐火椅、拔指甲、扯光頭發”等酷刑，扒光衣服，嚴禁睡覺，不準吃飯，直到在偽造的“招供狀”上簽字為止。根據蘇聯歷次清洗經驗，這些人最后都毫無例外地“承認”了自己參與反革命集團，并供出更多“同伙”名單。

大清洗第一場勝仗抓出了“根登—德米德反革命間諜集團”，又根據他們的“口供”，揪出更多的人，蒙古軍隊的規模本來就小，軍隊旅以上有187名將領被捕;51個中央委員會成員有36個被槍決。有1000多名軍人為了避免被殺，主動“承認”自己的“反革命罪”，最初只有幾個人得到赦免，以后絕大部分仍被槍斃。

門德是首批被逮捕的65人中的知識分子，他為了保命，把所有認識的熟人全咬成了“同謀”，他因“戴罪立功”得到了較好的關照，但1941年大清洗過后他仍被送到莫斯科處死。

工業聯合會的主席普熱夫，一個擁有一顆“紅心”的干部，也是首批被逮捕的人，他對著行刑隊大喊：“我承認我犯了罪，但是我愿意招供罪狀更大的人”，死刑得以延期，普熱夫又供出了無數的“同謀”，類似的案例在大清洗中數不勝數。在酷刑和死亡威脅下，極少有人不“認罪”不“咬人”。

蒙古軍中威望僅次于蘇赫巴托的德米德在押送到蘇聯途中離奇死亡，不僅他的父親和兄弟遭處決，連懷孕的妻子娜察亦被殺死。

針對宗教界的大清洗同時展開，規模更為龐大和血腥，手段更為粗暴野蠻。內務部抓“喇嘛反革命集團”的邏輯是，如果你是學生，那么你的老師肯定就是同謀，若你是老師，你的學生亦同謀，宗教界師生關系盤根錯節，所有僧侶皆可被打成反革命。

前來指導大清洗的蘇聯總顧問格魯伯奇克1938年8月向斯大林報告：“到7月20日，771座寺院已有615個變成廢墟，仍在運轉的僅有26座，8.5萬名喇嘛僅留下17338人，這些人還未逮捕，對中高層喇嘛我們將在下一階段戰役中全部解決。”

大清洗期間兩個特殊機構凌駕于一切黨紀國法和黨政軍機構之上，一個是非常委員會，作為最高軍事法院;一個是特別委員會，是最高法院。至1939年4月，兩個委員會卷宗顯示，共判處29198人為反革命罪，其中僅非常委員會查辦的25785個政治案件，已作出判決的卷宗顯示，20099人被處決，5739人投入監獄。

宗教界的清洗，按標準定額，每個肅反人員一天辦10個案子，超額完成者有獎。一個叫班扎拉格奇的肅反人員在摧毀一個寺廟的過程中，平均每天辦案60個，成為“先進工作者”;另一位叫巴雅爾馬格奈的肅反人員因一周辦幾百個案子，獲得北極星勛章(蒙古給軍功卓著者的獎勵)。

內務部成員盧瓦桑薩姆丹1962年回憶，由于逮捕的僧侶太多，導致監獄擁擠不堪，每周會有一兩次集體處決，每次用卡車一車車拉出去。

十月革命后，有很多哈薩克人、布里亞特蒙古人、塔塔爾人從蘇俄逃入蒙古，斯大林對這些人懷恨在心，認為他們“逃避革命”，那也是另一種“反革命罪”，他下令喬巴山對他們實行清洗。蒙古2.1萬哈薩克斯坦人被消滅了2000人;140個塔塔爾人只剩下4個;來自中國內蒙的漢蒙兩族人士幾乎未留下一個活口，其中還有內蒙人民革命黨的成員。

處決“反革命”干部群眾時，內務部強制黨政軍成員去觀看，喬巴山表情木然，老實忠厚的總理阿瑪爾臉上常掛著眼淚，這一切被“蘇聯專家”看到眼里。伏羅希洛夫向大清洗中喬巴山的副手，中央委員會書記——魯布桑札布授意：得除掉阿瑪爾。

阿瑪爾已是蒙古高層剩下的最后一兩個有聲望的人，所以斯大林才在根登之后讓他當總理裝點門面，蘇聯專家們可以藏在“阿瑪爾政府”幌子后面作惡。因此搞掉阿瑪爾之前，莫斯科授意先發起宣傳攻勢弄臭他。

1939年3月阿瑪爾以“反革命集團庇護者”等罪名遭逮捕，被押送到蘇聯“審判”，關押期間，蘇聯內務人民委員給他用盡了各種“非人酷刑”。1941年7月10日，特意選在了人民革命黨建黨日，宣布阿瑪爾死刑。與阿瑪爾一同被逮捕，送到蘇聯處決的還有蒙古當時的國家元首，創黨元老，大呼拉爾主席團主席多格桑木。有趣的是，阿瑪爾生命最后一段時光里，在獄中碰到了把他清洗掉的魯布桑札布，但這次，魯布桑札布不是來審問他的，而是與他成了獄友。

大清洗中到底有多少人被處決，現在難以得到精準數字。這種罪惡的事斯大林也認為見不得人，不會留下詳細的“歷史罪證”，當時亦不允許報道和研究，歷史學者目前常引用的數字是3.6萬至5萬左右，但研究者認為3.6萬這一數字遠遠被低估。

1939年末，喬巴山在筆記本里記下了這樣一段工作總結：“到11月，共處決喇嘛20356人，600名是高級喇嘛，3174名是中級喇嘛，13120名是低級喇嘛，摧毀797座寺廟;在1937年和1939年之間，逮捕了56938人，其中20396被處決，被逮捕的人中有17335人是喇嘛”。(注：喬巴山的數字比蘇聯顧問的要高)

蒙古作為游牧社會，寺廟是少有的固定建筑，797座寺廟包含超過6000多棟古建筑，每座寺廟還是周邊地區的經濟、文化、教育中心，數百年所積累下的書籍、卷冊、藝術品毀滅殆盡，寺廟的金銀器皿被蘇聯搜刮而去，僅有首都烏蘭巴托的甘丹寺被留存，但一直被關閉。

在“美麗的蒙古大地”，有獨立思想的知識分子被一掃而光，黨政軍和宗教界著名人物亦被殺戮殆盡，傳統文化遭到毀滅性打擊，經濟亦完全被蘇聯所控制。

1941年莫斯科迫使蒙古放棄以維吾爾字母書寫的老蒙文，改用以斯拉夫字母書寫的新蒙文，對成吉思汗和蒙古歷史的歌頌與崇拜亦在被禁之列。到30年代末，蒙古與蘇聯之間的貿易狀況徹底顛倒過來，向蘇聯出口貨物僅650萬盧布，從蘇聯進口的產品達7500萬盧布。

二戰時蒙古對“兄弟般情誼”的蘇聯發起了“只求貢獻不求回報”支援運動，向蘇聯捐助的金錢和物資遠遠超過自身承受能力，1942年開始，向蘇聯捐助羊皮衣服3萬件，食品600噸，現金10萬美元，黃金300公斤，坦克54輛(其中有32輛T-34坦克)，同時低價出售給蘇聯48.5萬只馬匹，另無償贈送3.2萬匹。

蒙古真正需要的是蘇聯的面粉、玉米、鹽等產品，但蘇聯始終為食物匱乏所困擾，為了不給“友邦”添麻煩，蒙古又發起“自給自足”運動。經過多輪清洗，蒙古已不存在抗拒集體化的力量，1947年公社化運動全面完成，牧民的牲畜全部收歸“國有”。多年后“糾左”，有了點通融，僅允許戈壁地區和杭愛以北地區，每個公社成員可保有50頭羊。

蒙古不僅直接派兵參加蘇軍作戰，還強令國民前往蘇聯服勞役，二戰時一直按斯大林要求保持著8至10萬軍力，盡職盡責扮演好了“緩沖國”角色。斯大林兩次干涉中國新疆事務時，蒙古又成為他從事國際地緣政治訛詐的馬前卒。

1944年，斯大林在新疆的伊犁、塔城和阿勒泰發起“東突厥斯坦獨立運動”，即斥責了顧忌中國抗議、畏首畏尾的喬巴山，勒令他立即向“東突”送去武器。喬巴山隨后命令蘇赫巴托的兒子噶爾桑率軍把200支步槍、230挺機槍和6挺重機槍、2000枚手榴彈、40萬發子彈送到新疆交付給叛軍頭領烏斯滿手，由于這批武器和蘇聯空軍的支持，中國軍隊平叛失利(注：烏斯滿后來又歸順中國國民政府，與蘇聯和蒙古作戰)。

連蒙古領袖“小斯大林”——喬巴山的接班人也是斯大林隔代指定的“澤登巴爾”，老早就指示喬巴山好好栽培。娶了蘇聯妻子的澤登巴爾雖受斯大林青睞，喬巴山未曾想到，赫魯曉夫發起“反斯大林運動”，澤登巴爾立馬響應莫斯科指揮棒，在蒙古發起“反喬巴山運動”。

蘇式政治經濟體制在蒙古全面確立，把母體的一切弊病全部遺傳過來，蒙古長期經濟體制僵化，生產效率低下，物資匱乏，到20世紀80年代，商店里除了白酒和蠟燭，空空如也。男人們也像蘇聯一樣，沾染上懶惰、酗酒的惡習。民主化前的人民革命黨中央第二書記包爾德巴特爾說，盡管人民長期被物資匱乏的所折磨，但有3000個高干家庭像蘇聯特權階層一樣，可以享受特供，過著優裕的生活。