在華佗多年的醫療實踐中，非常善于區分不同病情和臟腑病位，對癥施治，一日，有軍吏二人，俱身熱頭痛，癥狀相同，但華佗的處方，卻大不一樣，一用發汗藥，一用瀉下藥，二人頗感奇怪，但服藥后均告痊愈，原來華佗診視后，已知一為表證，用發汗法可解;一為里熱證，非瀉下難于為治。

華先生治府吏倪尋，頭痛身熱，則下之，以其外實也，治李延頭痛身熱，則汗之，以其內實也，蓋得外實忌表、內實忌下之秘也，又按內實則濕火上沖，猶地氣之郁，正待四散也，外實則積垢中留，猶山閑之水，正待下行也，其患頭痛身熱同，而治法異者，雖得之仙秘，實本天地之道也，余屢試之，果屢見效。

又有督郵頓某，就醫后自覺病已痊愈，但華佗經切脈卻告誡說：“君疾雖愈，但元氣未復，當靜養以待完全康復，切忌房事，不然，將有性命之慮?！逼鋾r，頓妻聞知夫病已經痊愈，便從百里外趕來看望。當夜，頓某未能慎戒房事，三日后果病發身亡。

另一患者徐某，因病臥床，華佗前往探視，徐說：“自昨天請醫針刺胃管后，便咳嗽不止，心煩而不得安臥?！比A佗診察后，說：“誤矣，針刺未及胃管，誤中肝臟，若日后飲食漸少，五日后恐不測。”后果如所言而亡。

華佗曾經替廣陵太守陳登治病，當時陳登面色赤紅心情煩躁，有下屬說華佗在這個地方，后來他就命人去請華佗，為他診治，華佗先請他準備了十幾個臉盆。

然后為他診治結果陳登吐出了幾十盆的紅頭的蟲子，為他開了藥，說陳登是吃魚得的這個病，告訴他這個病三年后還會復發，到時候再向他要這種藥，這個病就可以根治了，并且臨走告訴了華佗家的地址，那年陳登36歲，結果陳登果然三年后舊病復發，并派人依照地址尋找，可是華佗的藥童告訴陳登的使者說華佗上山采藥還沒回來也不知道他什么時候能回來，結果陳登去世的(依據見《三國志·陳登傳》)。

在周泰受重傷時，華佗醫好他，所以后來有人向曹操推薦華佗時就說：“江東醫周泰者乎？”

黃疸病流傳較廣時，華佗花了三年時間對茵陳蒿的藥效作了反復試驗，決定用春三月的茵陳蒿嫩葉施治，救治了許多病人。

民間因此而流傳一首歌謠：“三月茵陳四月蒿，傳于后世切記牢，三月茵陳能治病，五月六月當柴燒”，華佗還以溫湯熱敷，治療蝎子螫痛，用青苔煉膏，治療馬蜂螫后的腫痛;用蒜畝大酢治蟲病;用紫蘇治食魚蟹中毒;用白前治咳嗽;用黃精補虛勞，如此等等，既簡便易行，又收效神速。

華佗還是一名能運用心理療法治療疾病的專家。一次，一位太守請他看病，華佗認為經過一次大怒之后，他的病就會好。

于是他接受了許多財物，卻不給他好好看病，不久又棄他而去，并留下了封書信罵他，太守大怒，讓人去追，他的兒子知道事情的真相，便悄悄攔住了去追趕他的人，太守在極度憤恨之下，吐出了幾升的黑血，病很快就好了。