天啟四年(1624)六月，左副都御史楊漣上疏，彈劾東廠提督太監魏忠賢二十四大罪。這封奏疏當然沒有傳到皇帝手中，但沒過幾天，朝廷上下對奏疏的內容爭相傳閱，魏公公的丑事被搞得盡人皆知。

此事不久就傳到了皇帝耳朵里。但是，熹宗文化水平實在太低，楊漣洋洋灑灑，文采飛揚的大作他看不懂，只得找人來代念，邊念邊解釋，代念的人避重就輕，將內容縮水不少，再加上一把年紀的魏忠賢大聲哭訴，說這是大臣要害他。熹宗竟然反過來安慰鼻涕一把淚一把的魏公公，這件事居然就這么過去了。

魏忠賢的地位和威望不降反升，很多官員開始向閹黨靠攏。心灰意冷的趙南星、楊漣、左光斗等東林黨人紛紛辭職回家，東林黨就此土崩瓦解，但魏忠賢并不放過他們。天啟五年(1625)四月，楊漣、左光斗、魏大中等東林黨人被逮捕，他們的罪名是無中生有的收受賄賂。

此時的詔獄恐怖已經到了它登峰造極的時代，對楊漣則用刑之極，楊漣的下頜脫落，牙齒打掉。錦衣衛都指揮僉事許顯純命人用鋼刷刷其皮肉，楊漣“皮肉碎裂如絲”。在一次嚴酷的拷打后，楊漣回到監房，以最后之力寫了《獄中絕筆》，并將這兩千余言的絕筆，親手托付給同在獄中的顧大章。為防止被獄卒搜去，顧大章把它藏在關帝像背后，后又埋于獄室北墻下，最終得以傳之后世。

天啟五年(1625)七月二十四日夜，54歲的楊漣被鋼釘釘入頭頂，當場死亡。左光斗在第二天被折磨致死，臨死前腿被打得筋骨盡脫，臉被烙鐵烙壞，眼睛都睜不開。曾擔任刑部主事的顧大章在刑部審訊大堂上揭露閹黨的種種惡行，將他們誣陷、謀殺的劣跡一一列舉后，當晚回到獄中自盡而死。至此，楊漣、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章六人全部遇害，史稱“六君子之獄”。魏忠賢特意編撰了一本《三朝要典》誣陷東林黨人禍亂朝廷，死罪當誅。

魏忠賢還與客氏勾結，殘害后宮嬪妃，不讓皇帝有子嗣。天啟七年(1627)八月，天啟皇帝病危，竟無子繼承大統，熹宗唯一的弟弟，17歲的信王朱由檢，成為唯一的皇位繼承者。在張皇后的努力下，皇帝臨終前，傳位信王同時還囑咐他，要倚重廠公(魏忠賢)，做一個像自己這樣的皇帝。

熹宗死后，天啟七年(1627)八月，朱由檢舉行登基大典，正式即位，選國號崇禎。初登皇位的崇禎帝做事謹小慎微，對魏忠賢畢恭畢敬，甚至不敢吃宮中的食物。魏忠賢獻上四位美女，企圖用迷魂香禍亂皇帝，并提出辭呈，被皇帝駁回。天啟七年(1627)九月初三，另一個人提出了辭呈，這個人就是天啟皇帝的奶媽，魏公公的相好客氏。

就在魏公公滿心等待皇帝挽留時，傳來的答復卻是同意，老皇帝都死了，乳母自然沒有道理留在宮中。這看似合情合理的結果，卻大大出乎了魏忠賢的意料。他決定再試一步。九月初四，司禮監掌印太監王體乾也提出辭職。崇禎帝回復：挽留。