武德七年夏，位于長安以北宜君縣境內的避暑行宮—仁智宮竣工落成，李淵當即決定去避暑散心。他特意讓秦王李世民和齊王李元吉陪同前往，同時命太子李建成留守長安，負責處理日常政務。

六月初，也就是在李淵駕臨仁智宮的同時，太子手下的郎將爾朱煥和校尉橋公山，車上裝的是一大批嶄新的盔甲。二人奉太子之命，準備將盔甲運往慶州（今甘肅慶陽縣），交給都督楊文干。爾朱煥一行走到了位于長安與慶州中途的豳州（今陜西彬縣），就不再往前走了，并突然向豳州方面舉報，聲稱有重大案情要上告。豳州地方官不敢怠慢，即刻將他們送到了仁智宮。他們向李淵面奏：太子李建成準備與慶州都督楊文干里應外合，趁天子不在京城之機發動兵變！

就在李淵極度震驚并且滿腹狐疑的時候，一個叫杜鳳舉的人從寧州（今甘肅寧縣）趕赴仁智宮，也告發了太子。他的指控和爾朱煥、橋公山的說辭如出一轍。

面對接踵而來的控告，李淵再也坐不住了，他立刻找了一個理由，傳太子到仁智宮來—無論太子謀反是真是假，李淵都必須在第一時間把他控制住。

接到天子手詔后，東宮立刻亂成了一鍋粥，幕僚們開始七嘴八舌地獻計。太子舍人徐師謨提議，干脆起兵，趁天子不在把京師占了！詹事主簿趙弘智則提出一個比較理性的建議：太子應該貶損車服、摒棄隨從，獨自上山向皇帝請罪。李建成思慮再三，聽從了后者的建議，隨即帶著東宮屬官前往仁智宮，在距行宮60里時命隨從們留下，僅帶著十余個侍衛上山面圣。

一見到李淵，李建成立刻作出一副痛心疾首的樣子，極力表明自己的清白，而且“叩頭謝罪，奮身自擲，幾至于絕”。可李淵卻一臉怒容，不為所動，一直到李建成表演完了，才命人把他軟禁起來。當晚只給了他一碗麥飯充饑，并命殿中監嚴加看管。

控制了李建成之后，李淵立刻命司農卿宇文穎赴慶州，召楊文干前來面圣，決定把案件查個水落石出。可出乎所有人意料的是，宇文穎此行不但沒有召來楊文干，反而激起了他的兵變。

六月二十四日，楊文干兵變爆發。消息傳到仁智宮，李淵勃然大怒，同時也感到極度的傷心和失望。因為楊文干的行動等于承認了他與太子串通謀反的事實。聯系此前爾朱煥等人的告發，整個事件已經真相大白，似乎沒必要再尋找什么證據了，李淵很容易就能得出結論—所有這一切的幕后主使不是別人，正是太子李建成！

二十六日，也就是楊文干起兵的第三天，李淵召見了李世民。李淵首先詢問他對當前形勢的看法。李世民不假思索地說：“楊文干很快就會被自己的部將所殺，即便不會，派遣一個普通將領也足以將他討平。”李淵搖了搖頭說：“不然。這件事牽連李建成，恐怕響應的人會很多。你應該親自出征，回來后就立你為太子。至于李建成，則封為蜀王。蜀地狹小，蜀兵脆弱，將來他若能服從你，你就要保全他的性命；若不服從，你要制伏他也易如反掌。”

既然李淵因楊文干兵變而下定了廢黜太子、改立秦王的決心，那么整個太子謀反事件最大的獲益者就站在我們面前了。換言之，這起事件中嫌疑最大的幕后推手，就是這些年來一心想要奪嫡的秦王李世民！

只是，李世民沒有想到，父親李淵最后并沒有廢掉李建成。李淵應該是看破了李世民的計謀，只是訓斥了李建成一頓，一切照舊。可是，由此一來，李建成和李世民之間的矛盾就變得不可調和了。為了保命，李世民不得不再度搶先出手，于是有了后來的玄武門之變。