建文帝即位之時，難以勝任對叔父輩藩王的駕馭，尤其是活躍于北部邊境的燕王，為鞏固南京政權的穩固，即位僅兩個月后，便斷然削藩。他采納黃子澄的建議，由于顧忌燕王的軍事實力，決定先斷其羽翼，而且首當其沖的就是燕王一母同胞的兄弟周王。以此為開端，建文政權連續展開削藩。洪武三十一年十一月，齊王被削藩，第二年即建文元年(1399年)正月是代王，四月是湘王，六月是岷王，在不到一年的時間內，總共有五個藩王被剝奪王位。其中，最悲慘的當數湘王：他不屑于被官差抓捕，關閉王府大門，放火自焚，悲憤而死。

面對南京政權步步緊逼的削藩政策，燕王絕不是束手待斃。當初，建文帝對周王削藩之際，燕王立即上書建文帝，為周王求情，而且，言辭極其恭敬卑微，以“至親之情”懇求建文帝不要重罰周王。

當然，燕王自己也知道上書不會起到任何作用，這只不過是他起兵計劃中的一環，旨在為起兵爭取更多的準備時間。上書被駁回后，燕王立即稱病臥床，斷絕與外界的一切來往，以此蒙蔽南京政權的監視耳目，借機閉門不出，隱身王府內，暗中籌謀起兵大計。其間，他在北平附近招募青壯充實護衛，并在各地尋求奇人異士等，加緊起兵的準備。

燕王府原本使用的是元朝的宮殿，占地很大，周圍建有城墻堡壘，在王府的后院，由軍師道衍親自指揮，每天操練士兵。王府的地下設有秘密工場，日夜不停地打造兵器。為掩人耳目，在地表上建有建筑，周圍建有圍墻。而且，在王府后院飼養了很多鴨子和鳥，它們的叫聲足以掩蓋軍隊操練及打造兵器的聲音，只是有不雅之嫌。

建文元年正月，為祝賀新年，燕王派長史葛誠進京。長史是負責藩王府內長史司的官員，承擔對藩王的指導及總管王府政務的要職。燕王派深得自己信任的葛誠進京，表面上是為了慶祝新年，實際上是讓他伺機探聽南京政權的情況。

出乎意料的是，葛誠在建文帝召問之時，竟然背叛了燕王，將北平的情況和盤托出，并且約定，南京政權對燕王削藩時，愿做內應。葛誠大概是對陷入絕境的燕王失去信心了，為謀求自保而選擇投靠南京。葛誠返回北平復命時心神不定，燕王立即判斷出他已經投靠南京了。但燕王裝作不知，讓他繼續與南京聯絡，以免驚動南京方面的耳目。

面對南京政權的重重監控，燕王決定派三個兒子進京，以此迷惑南京政權，為自己爭取時間。但這一決定很可能使自己的三個兒子被南京政權當作人質扣留軟禁，可以說，這是燕王孤注一擲的豪賭。而南京政權沒想到燕王如此應對，倉促之間確實有扣留他們的打算，然而，黃子澄害怕因此會刺激燕王立即起兵反叛而反對扣留，最后，決定放還燕王的三個兒子返回北平。這是南京政權的又一次大失誤，而燕王自然是非常高興地歡迎三個兒子歸來。