1649年(順治六年、永歷三年)前后，鄭鴻逵、鄭成功軍同廣東郝尚久部爭奪潮州之戰，是南明史上的一次內訌。郝尚久是李成棟的部將，入廣后奉命鎮守潮州。1648年李成棟反清歸明，郝尚久也隨之反正，永歷朝廷封為新泰伯。按理說，潮州緊接鄭氏家族占領的銅山、廈門一帶，本應共赴國難，聯軍恢復福建。可是，南明的派系矛盾使這一前景歸于幻滅。江日升記載，李成棟反正后曾經上疏建議“速當發詔通成功，連兵恢復”，永歷帝也曾為此頒發詔書。鄭成功叔侄卻垂涎于廣東潮州一帶產糧區，早在1648年(順治五年、永歷二年)四月，鄭鴻逵就率領舟師三千余名來到潮州府屬的揭陽縣征糧收餉。這正是李成棟反清復明的時候，雙方的摩擦日益加深。鄭成功曾經派楊乾生為使者致信潮州總兵郝尚久，遭到斷然拒絕。鄭成功信中究竟提出了什么要求，未見明確記載，估計是以“連兵”為由要求入駐該府。鄭氏集團覬覦潮、惠由來已久，定國公鄭鴻逵和鄭成功急于解決糧餉來源問題，原先隨李成棟入廣的鄭芝龍部將施福(又名施天福)等人又因長期受到李成棟等“北人”的歧視，一直耿耿于懷，紛紛慫恿鄭成功奪取潮州，以泄私憤。楊英的一段記載透露了其中委曲：

時武毅伯施天福同黃海如來見，藩(指鄭成功)令天福典兵柄;辭以老，從之。謂海如曰：“我舉義以來，屢得屢失，乃天未厭亂。今大師至此，欲擇一處，以頭(？)練兵措餉之地，必何而可？”海如曰：“潮屬魚米之地，素稱饒沃，近為各處土豪山義所據，賦稅多不入官，藩主策而收服之，藉其兵□而食其餉，訓練恢復，可預期也。”藩曰：“我亦思之，但潮邑屬明，未忍為也。”時參軍藩□□言曰：“宜先事入告，然后號召其出師從王，順者撫之，逆者討之。”

這段記敘反映了鄭成功出兵廣東時的矛盾心理，既“思”奪取這塊“素稱饒沃”之地，又因該處已“屬明”不“忍”下手。那位參軍建議“先事入告”(即報告永歷皇帝)，然后“名正言順”地取之。這在實際上根本行不通，無非是為打內戰找一個自欺欺人的借口。永歷皇帝當時在很大程度上是依附于反正過來的李成棟等“東勛”，不論鄭成功以什么理由上疏朝廷要求把成棟部將控制下的潮州轉交給自己，永歷朝廷決不會同意。盡管如此，鄭鴻逵和鄭成功在1649年到1650年多次出兵廣東，除擊敗盤踞潮州沿海達濠埔等處的許龍、張禮等“不清不明”的地方武裝外，主要目的是同郝尚久爭奪潮州府。1649年(順治六年、永歷三年)八月，鄭鴻逵舟師與郝尚久軍交戰于揭陽，互有勝負。“十二月十七日，鄭成功親率林勝、楊才、黃山、施信、楊勇、洪進、阮引、康明、甘輝、黃凱、史朝綱、潘加鐘、林期昌、林翰、顏尚通、肖武、戴彰、翁文賢等共二十四鎮至揭，每鎮五百人，大舉入潮”，與鄭鴻逵會師。鄭成功明知郝尚久鎮守下的潮州府已屬南明永歷朝廷，“彼尚藉明號，豈可自矛盾”，卻故意制造事端，擅自派遣軍隊到處搜刮糧餉，遇有“不服輸將”者就“聲罪致討”，攻城破寨，俘掠百姓。郝尚久見鄭軍在自己的管轄區內如此胡作非為，憤而出兵阻攔。鄭成功就乘機宣布“郝虜助逆，加兵擒而滅之，師出有名矣”，肆無忌憚地大打內戰，先后占領了潮州府屬的海陽、揭陽、潮陽、惠來、普寧等縣，并在1650年(順治七年，永歷四年)六月間包圍了潮州府城。

永歷朝廷對鄭成功的挑起內釁顯然是不贊成的，但又無可奈何。魯可藻在記載永歷四年(1650)八月朝廷給“東勛”(李成棟部將)杜永和、張月、李元胤、張道瀛、郝尚久、李建捷、羅承耀、馬寶晉封侯爵一事時，對郝尚久評論道：“尚久則未嘗有事，雖朱成功圍困潮城，乃穴中之斗，難以言功。”九月，朝廷派中書舍人陸漾波以監軍給事中名義“捧敕回潮州，諭解朱成功、郝尚久之爭”。

就在鄭軍爭奪潮州府的時候，清尚可喜、耿繼茂軍由江西南下，于1650年二月進抵廣州城下。三月，鎮守惠州府的明奉化伯黃應杰、惠潮道李士璉剃發降清。尚可喜等派尚奇功、白萬舉二將往惠州“協守”。郝尚久鎮守的潮州西面已歸附清朝，與永歷朝廷隔絕;東面又遭到“遙奉永歷”的鄭成功軍的進攻，他一怒之下同潮惠巡道沈時決定叛明降清。六月二十五日派戎旗游擊劉清正等赴福建漳州請清兵來援，同時向清平、靖二藩遞上降表請援。尚可喜和耿繼茂當時正頓軍于廣州堅城之下，無兵可派，轉檄福建漳州總兵王邦俊出兵援潮。王邦俊當即率師入潮，會同郝尚久擊敗鄭成功，迫使鄭軍退回福建銅山。

就事實而言，鄭成功、鄭鴻逵進攻潮州是極不策略的，它加速了清軍侵占廣東全省的過程。鄭氏集團鼠目寸光，只知從自身利益出發，想奪取已屬于南明永歷朝廷的潮州府，借以解決糧餉問題。結果是鷸蚌相爭，漁翁得利，迫使郝尚久把這塊富饒之地獻給了清方。鄭成功以銅山、南澳一帶為基地，背靠永歷朝廷管轄區，如果以大局為重，西連兩廣，北連舟山，南明各派抗清武裝氣脈相通，可以有一個全盤的復興計劃。至于糧餉困難，鄭成功本可上疏請求永歷朝廷撥給或經正當途徑到潮、惠等地采購。鄭氏志不在此，一心想在南明政權內部擴張自己的領地，終于導致大局逆轉。某些史著把鄭成功1649—1650年潮州之役歸入抗清范疇，顯然不正確。